您好！根據您描述的情況，停經已兩個月且早孕試紙呈陽性反應，確實存在懷孕的可能性。然而伴隨的咖啡色分泌物提示可能存在宮外孕或其他婦科問題。
建議立即到醫院進行B超檢查以明確妊娠位置，并同時做常規婦科檢查，評估子宮恢復情況及宮頸健康狀況。
如果確定不繼續妊娠，建議盡早考慮人流手術。請不要過度緊張，及時就醫是關鍵。
此外，尿液異味可能提示感染，需進一步檢查治療。