小兒癲癇與高熱驚厥發生原因、發作時間、影響不同。：
1.小兒癲癇主要是由于各種原因，引起的慢性腦功能障礙的神經系統綜合征。發熱與不發熱，隨時隨地都有可能發作，沒有明顯的預兆。而小兒高熱驚厥是發生在呼吸道感染或者其它感染性疾病中，體溫超過三十九度時所出現的驚厥。在不發燒的情況下是不會出現驚厥的。
2.癲癇發作的時間，一般會比高熱驚厥的時間長一些，高熱驚厥一般情況下，只要及時降溫后可以解除。
3.小兒癲癇頻繁發作，會影響孩子智力，而高熱驚厥大部分患兒不會留有后遺癥。