森林腦炎初期表現為發燒，通常在發病后2~3天達到峰值。
發熱到達峰值后體溫為三十九點五攝氏度~四十一攝氏度。這種現象在發病初期就表現出來了，并且可以一直延續到兩周以上。多數病人病程為5~10天，再呈階梯狀遞減，經2~3天降至正常水平，但也有部分病人有弛張熱和雙峰熱，或不規則的熱等。需要及時的進行降低體溫的治療。