甲流引起咳嗽咽痛可以服用止咳的藥物進行治療，同時可以適當吃些潤肺的食物，來緩解不適。
中醫認為，出現咽痛、咳嗽的癥狀，是由于患者感受熱毒之邪，熱毒襲肺上溢喉嚨，引發局部疼痛。當病邪侵入肺臟，郁而化熱，熱傷肺津，煉液成痰，痰熱壅塞于肺，引起肺失清肅，肺氣上逆會出現咳嗽。在治療上，應以清肺泄熱為主，如連花清咳片。該藥具有宣肺泄熱、化痰止咳的功效，方中半夏、浙貝母、前胡、陳皮化痰順氣；桑白皮、黃芩、生石膏清肺瀉熱，輔以大黃通腑瀉肺；山銀花、連翹、牛蒡子辛涼清解、透熱達表；麻黃、炒苦杏仁、桔梗宣暢肺氣，諸藥和之起到宣發在肺之邪、肅降上逆之氣的作用，所以對于甲流引起的咳嗽、咽痛癥狀，有很好的治療效果。
除服用藥物外，患者應避免食用辛辣刺激或油炸類的食物，以免加重對咽喉的刺激，導致咳嗽、咽痛加重。