新生兒肝炎綜合征主要是肝功能受到損害導致的。其原因包括有：1、肝前性疾病，包括病毒、細菌、支原體、衣原體等感染，ABO血型原因導致溶血，及非肝臟疾病引起各種原因；2、肝臟疾病，肝炎，包括甲乙丙丁戊型肝炎，且肝內膽道閉鎖；3、肝后性疾病，包括膽總管囊腫、膽總管阻塞或其他原因；4、先天性代謝性疾病。