非淋菌性尿道炎不自愈，如出現非淋菌性尿道炎，提示積極處理，避免病程遷延難愈。
非淋菌性尿道炎后，其致病微生物以衣原體或支原體為主。由于病原體本身具有一定的傳染性，所以需要積極配合醫生進行用藥治療。對支原體，衣原體等感染，目前，建議使用藥物為左氧氟沙星、阿奇霉素等，能夠起到較好的抗感染效果。