小兒腦膜炎可能導致多種后遺癥，包括智力減退、斜視、面神經癱瘓、腦積水、耳聾等，此外，部分患兒還可能出現聽力下降、飲水嗆咳、肢體活動不靈活、癲癇等癥狀。由于每個小兒的病情嚴重程度、治療方法以及日后護理方法各不相同，因此具體的后遺癥也因人而異。
小兒軟腦膜部位的廣泛炎癥性改變，即小兒腦膜炎，通常由病原微生物感染引起，如結核分枝桿菌、肺炎鏈球菌、腸道病毒等，因此大多數患兒積極配合醫生進行規范化治療，預后良好，且后遺癥發生率較低；僅有極少數腦膜炎患兒的病情相對嚴重或自身免疫能力較差，可能會導致上述后遺癥的出現。
因此，對于患有腦膜炎的幼兒而言，必須積極配合醫生進行規范化的治療，以最大程度地降低后遺癥的發生率。