可以根據不同病因造成的深覆合牙齒來選擇適當的矯正方式，例如平面導板矯正器、方絲弓或者細絲弓矯正器、微種植體支抗、配戴活動合墊式矯治器以及外科手術。
1、平面導板矯正器：用于前牙槽骨過高而后牙槽骨不夠高的深覆合牙，它先用活動矯正器將前牙槽骨壓低，然后用平面導板將后牙槽骨抬高，以達到矯正深覆合牙的目的。
2、方絲弓或者細絲弓矯正器：用于前牙槽骨過高、后牙槽骨正常深覆合牙齒。通過升高后牙和壓低前牙達到糾正傾斜的頜平面，矯正深覆合牙齒，通常3-6個月可見效果。
3、微種植體支抗：例如微螺釘種植體，鈦板種植體。增高后牙度小，卻能有效地壓低前牙達到矯正深覆合牙齒的目的，其療效比較理想，但是價格昂貴。
4、配戴活動合墊式矯治器：墊高后牙區，張開前牙咬頜，讓后牙漸漸拉長，提高前牙深覆合深覆蓋。
5、外科手術：對嚴重骨骼畸形所致深覆合牙齒或咬傷齦組織者，可以進行正畸外科手術。通常采用前牙根尖下截骨術來減少前牙的牙槽高度以達到矯治深覆合牙齒。