病毒性腦炎常發生于人體抵抗力相對較差時，病毒在血液循環中、直接擴散或沿神經逆行性感染中樞神經系統，引起顱內發生炎性感染，病人可有發燒、頭痛、精神恍惚等癥狀，癲癇和其他病癥。
通常情況下，病毒性腦炎病人不發生腦血管阻塞，但若病人有嚴重感染，可引起機體免疫反應，致使病人發生血管炎，血管免疫沉淀物生成，這類病人很可能發生腦血管堵塞，但多數病毒性腦炎并不引起腦血管堵塞。