腎腫瘤和腎囊腫不是腫瘤，但極易與腫瘤相混淆，因此腎囊腫與腎惡性腫瘤的鑒別十分重要，二者的鑒別方法可用腎實質性斷層造影或腎動脈造影，懷疑囊腫惡性病變時，可進行囊腫穿刺，抽出囊液進行常規檢查及脫落細胞檢查；也可向囊腫內注入造影劑，檢查囊壁有無腫瘤。B型超聲和CT很容易將腎囊腫和腎實質性腫瘤區別開來。