支原體感染不同部位，引起的癥狀也不同。
泌尿系感染：尿頻、尿急、尿痛是一種常見的尿路炎癥。有的人會有尿道炎癥，但會表現為尿痛。尿道處會有一些紅腫或者是膿狀的分泌物。
生殖器炎癥：會導致睪丸炎、附睪炎、睪丸的痛苦、附睪等處的不適、陰囊水腫、鞘膜積液等。陰道炎、子宮內膜炎、盆腔炎、卵巢炎等都會導致陰道白帶增加、下腹部的痛苦。