病毒疣的治療以消除皮損，抗病毒或者提高免疫治療為主。外用腐蝕性藥物燒灼疣體，一般一次用藥，7-15天結痂脫落即可。或采用物理療法。有CO2激光、液氮冷凍、電灼、微波等，但很難完全清除皮下病毒，復發率較高，費用相對也高。還可采用內外用干擾素治療或中藥湯藥治療，效果不明確，僅作為輔助治療手段。