根據您描述的情況，停經在49天內且伴有卵巢囊腫，一般來說是可以考慮藥流的。
不過，由于存在卵巢囊腫，建議在進行藥流前必須進行全面的檢查和評估。卵巢囊腫可能會增加流產過程中的風險，如感染或不完全流產的可能性。
建議您盡快到正規醫院進行詳細的婦科檢查，包括超聲波檢查等，以明確囊腫的性質和大小，以及妊娠的位置。
醫生會根據您的具體情況制定適合的方案。如果確認為宮內妊娠且無禁忌癥，藥流仍是可行的選擇。
需要注意的是，藥流過程中可能會出現腹痛、陰道出血等癥狀，這些都是正常的反應，但如果癥狀加重或持續時間較長，請及時就醫。
此外，卵巢囊腫在流產后的隨訪中也需要重點關注，必要時可能需要進一步的治療。因此，在整個過程中請嚴格遵循醫囑，并保持定期復查。
總之，在確保安全的前提下，藥流是一個可以考慮的選擇，但一定要在專業醫生的指導下進行，切勿擅自用藥或處理。