有可能導致癌變。克羅恩病癌變發生率較正常人群高，西方國家報道為1%～3%。長期活動的患者，病變部位的腸段發生癌變的風險大。克羅恩病患者患小腸癌的危險高于正常人群的100倍，但由于正常人群中小腸癌很少見，所以克羅恩病小腸癌變的絕對危險還是相當低的。結腸型克羅恩病患者結腸癌的危險仍在爭論中。有證據表明，當病變范圍較大時，其癌變的危險性較高。