一般情況下，小兒原發性膀胱輸尿管反流可能是膀胱輸尿管瓣膜發育異常、不穩定性膀胱、遺傳等原因引起的。
1.膀胱輸尿管瓣膜發育異常：如果患者在胚胎發育過程中，置，輸尿管開口位置外側移位，膀胱輸尿管瓣膜發育異常，就可能會導致原發性膀胱輸尿管反流。
2.不穩定性膀胱：如果膀胱功能亢進，膀胱內的壓力會明顯升高，這容易使瓣膜功能受損，從而出現原發性膀胱輸尿管反流。
3.遺傳：如果患者家中有原發性膀胱輸尿管反流病史，出現原發性膀胱輸尿管反流得幾率就會比較高。