對于生殖道解脲支原體感染的治療，必須權衡利弊，慎重進行，不可過于積極。對解脲支原體感染者配偶或性伴的治療也同樣要慎重，關鍵是要針對可能合并存在的其它性病病原體感染。有許多解脲支原體感染者，長期使用抗生素治療，但解脲支原體檢查依然陽性，而且還出現了許多新的不適。究其原因，極為復雜，解脲支原體耐藥、檢測錯誤或試劑不過關、二重感染（長期應用抗生素者容易出現真菌、其它不敏感細菌感染）、心理因素等均可能存在其中。