小兒慢性腸炎的發病率很高，一般是因為病毒感染而導致的，一般情況下，小兒慢性腸炎的治療主要根據病毒和非侵入性細菌來判斷。
臨床表現出明顯的中毒癥狀，尤其是新生兒、嬰幼兒、重癥患兒可選用抗生素。抗生素不能治療由病毒引起的腸炎。治療由寄生蟲引起的腸炎需要服用一些抗寄生蟲的藥物。可以適當選擇胃腸粘膜保護劑和微生態治療。