一般情況下，停經40天B超未見孕囊是否正常，要根據具體情況進行分析，可能是正常的，也可能不正常。具體內容如下：
1.正常：如果女性體內，精子和卵子結合的時間比較晚，受精卵進入子宮內生長并發育的時間也較晚，停經40天時B超未見孕囊是比較正常的，不用過于擔心，建議停經7周左右再復查超聲。
2.不正常：停經40天B超未見孕囊也存在不正常的可能，也許是女性并未成功懷孕，或者出現了異位妊娠的情況，建議女性及時就醫檢查，以免影響身體健康。