治療肛管癌可以采用切除術：此種手術適用于肛門或肛管皮膚癌變范圍不大，基本上不延及肛門內，深度未侵及括約肌，病理檢查證明細胞分化較高的病變。化療：可清除手術或放療無法清除的亞臨床轉移灶，同時增加組織對放療的敏感性。聯合化療和放療同時應用可明顯降低遠處轉移的發生率。