可以進行熱敷，并且口服助消化的藥物進行治療。
兒童消化不良肚子疼可能是由于胃腸功能紊亂所引起，也有可能是腹部受涼所造成，可以進行熱敷，能夠起到驅寒的效果，從而可以改善肚子疼的現象。另外也可以配合醫生服用雙歧桿菌以及健胃消食片等藥物進行治療。
平時也要注意飲食清淡，盡量不要食用生冷的食物。