新型冠狀病毒感染可發生腹瀉，有時就是吃了某些抗病毒藥物，也有可能導致腹瀉癥狀出現，需針對各種原因，采用不同處理方案。比如，如果患者患有嚴重腸道疾病，如慢性結腸炎等，可以停用某些藥物或停止使用這些藥物。如新型冠狀病毒對人體的侵害，引起人體炎癥反應而發生腹瀉，可予抗病毒治療；如用藥引起腹瀉等，這些藥可以中止。腹瀉嚴重時則要考慮是否有其疾病的影響或合并用藥等問題。
此外，腹瀉如果嚴重，需要予以補液治療，以免出現脫水癥狀。