通常來說，巴雷特食管主要有反酸、燒心、胸骨后疼痛、吞咽困難、咽部異物等臨床癥狀。
巴雷特氏食管是胃食管反流癥的并發癥，而胃食管反流是一種由胃十二指腸內容物反流入食管、口腔、肺部引起不適癥狀和（或）并發癥的疾病，可能會出現反酸、燒心、胸骨后疼痛、吞咽困難、咽部異物等臨床癥狀，建議在醫生的指導下使用藥物進行治療，常用的藥物主要有艾司奧美拉唑鎂腸溶片、法莫替丁膠囊、枸櫞酸莫沙必利膠囊等。