傳染性軟疣可以通過藥物治療、物理治療等方式治療，用藥方法是局部藥物和全身藥物。
傳染性軟疣是傳染性軟疣病毒感染引起的，可以采取局部用藥，使用維A酸乳膏、斑蝥素乳膏等藥物清除皮損，還可以采取全身用藥，使用西多福韋等藥物靜脈滴注。絕大多數患者不需靜脈滴注。
患者還可以進行液氮冷凍、透熱療法等物理治療。