一般來說，早孕孕酮低的癥狀是腰酸、下腹痛、陰道出血等。
如果出現腰酸、下腹痛、陰道出血等情況，可能會導致自然流產、胚胎停止發育。如果是宮內早孕，黃體酮注射液、黃體酮膠囊、地屈孕酮片等自然孕激素來進行保胎。不能使用人造的孕激素，否則會引起胎兒畸形。黃體功能不全會引起早孕孕酮低。黃體功能可能會受到甲狀腺功能的影響。