肝膿腫的治療周期應根據肝膿腫的治療情況而定，沒有固定的時間，一般至少需要2-3周。肝膿腫治療方法有抗生素抗感染及營養支持與穿刺引流，手術治療等。
肝膿腫與阿米巴性、口腔、心內膜炎、膽囊炎、闌尾炎等繼發的感染有關。選用不超過3cm的敏感性抗生素，不能完全使用液態的抗生素。大的要進行手術，但不能達到預期的程度。