通常情況下，橋本甲狀腺炎是雌激素的作用、遺傳基因細菌或病毒引起的。
橋本甲狀腺炎又稱慢性淋巴細胞性甲狀腺炎，是一種自身免疫性疾病，病因不明，以女性居多，具有家族聚集性，可能與雌激素、遺傳基因有關。臨床研究表明，橋本甲狀腺炎與高碘飲食的關系密切，而硒缺乏也是其發生的危險因子。橋本甲狀腺炎還可由一些細菌或病毒引起。慢性淋巴細胞性甲狀腺炎是一種常見的疾病。