大多支原體感染不是很嚴重的病，但是延誤治療，很有可能會變得嚴重。
支原體肺炎具有某些自限性，大多數病人不經治療能自愈，經系統治療后，預后良好。生殖支原體，人型支原體等、解脲支原體經選擇敏感的藥物治療預后良好。支原體感染會導致泌尿生殖道疾病，如果沒有得到及時的治療，就會造成流產和不孕的狀況。