直腸指診：在內口處有輕度壓痛，少數可捫到硬結。探針檢查，只在治療中應用，一般不能作為診斷用，防止穿破瘺管壁，造成假內口。X線造影，自外口注入30%～40%碘油，照相可見瘺管分布，多用于高位肛瘺及蹄鐵形肛瘺。