通常情況下，殘竇綜合征是胃竇切除不全、幽門括約肌失調等原因引起的。
1、胃竇切除不全：在完成二次手術后，由于十二指腸液的刺激，殘余的胃竇粘膜會分泌出大量的胃泌素，這些胃泌素會被吸入血液，從而影響到胃的粘膜，從而刺激胃粘膜，從而導致胃酸的分泌。
2、幽門括約肌紊亂：由于幽門括約肌功能不全，導致膽汁逆流，是殘竇綜合征的主要病因。胰液中的磷脂能與膽汁、胰酶共同作用，能溶解粘液，破壞胃壁的屏障，促進H+和胃蛋白酶的反彌散進入粘膜，造成更大的損害。從而導致殘竇綜合征。