胚胎停止發育原因有許多，胚胎停止發育的原因是比較多的，胚胎的因素，如果在懷孕早期出現胚胎停止發育，有50%—60%是由于胎兒的染色體發育異常，也是一種自然淘汰的方法，這種胎兒是不會發育成正常孩子的，在懷孕早期就自然流產了首先在懷孕早期受到一個外力的作用，有毒物的接觸，還有就是，精子卵子形成的胚胎本身，發育不良，沒有產生足夠的雌孕激素和絨毛膜促性腺激素來維持這排正常的，發育，還有就是，由于其他的疾病的問題，比如子宮腔容量不夠有，子宮縱隔，或者是子宮內膜息肉，或者是子宮肌瘤，還有就是患有某種疾病，技術水平的問題，甲狀腺功能的障礙，還有免疫抗體的問題都會引起，胚胎停止發育，還有染色體異常。