通常情況下，兒童支原體感染服用中藥是無效的。對于治療支原體感染，最直接有效的辦法就是使用大環內酯類抗生素來控制感染，最常見的是阿奇霉素分散片、羅紅霉素分散片，如果孩子出現發燒的情況，可以通過靜脈注射阿奇霉素。
中醫不能直接治療支原體感染，可以口服銀黃顆粒、復方金銀花顆粒、小兒雙黃連口服液等清熱解毒的中成藥。