通常情況下，進行肛瘺換藥會帶來一定的疼痛感，但其程度會因換藥時間和傷口大小的不同而有所差異，早期換藥時疼痛程度較重，而后期則會有所緩解。
在手術后的早期階段，由于傷口的新鮮程度，更換敷料時需要清除分泌物，因此患者會感受到相當明顯的疼痛。疼痛的程度并不顯著；隨著手術創面的康復，更換敷料時所帶來的疼痛感也將逐漸得到緩解和改善。
對于那些肛瘺傷口較深、創腔較大，甚至需要掛線治療的患者，在換藥時會感受到劇烈的疼痛，因此需要采用雙氯芬酸鈉栓進行止痛治療。