一般沒有“生殖傳染性軟疣怎么治療最好”的說法，患者可以通過藥物治療、物理治療等方式進行治療。
1、藥物治療：患者可以在醫生指導下使用氟尿嘧啶乳膏、重組人干擾素α2b注射液等藥物進行治療。
2、物理治療：患者可以通過冷凍治療、光動力治療等物理方式進行治療。
治療期間，患者應該避免同房，衣物藥分開清洗。