早孕孕酮低會產生腰酸，下腹痛和陰道流血等癥狀，嚴重時會引起自然流產，胚胎不再發育。
因此，如診斷宮內早孕且檢查孕酮數值相對偏低時，推薦孕激素保胎，應在醫生的指導下選擇天然孕激素如黃體酮注射液或黃體酮膠囊或地屈孕酮片等。不能選用人工合成的孕激素，因為人工合成的孕激素可以導致胎兒畸形。早孕孕酮偏低多由黃體功能不全所致。
此外，甲狀腺功能異常會對黃體產生影響，因此提示一定要做甲狀腺功能檢查。