上頜骨囊腫手術后遺癥可能有面容改變、面癱等。
頜骨處是維持中央面容的重要位置，在進行外科切除時，為防止囊腫的再次出現，往往會將局部的骨組織去除，進而對臉部形狀產生影響，使臉部出現一些凹陷；
由于上頜骨位置比較靠近頭顱，所以在進行手術的時候，若技術不熟練，很容易造成大腦神經的損害，嚴重的還會造成面癱的后遺癥。
在上頜骨囊腫術后，要加強對創面的護理，密切關注創面的內部出血，防止創面發生感染，從而對創面的恢復造成不利的影響。
但是也有可能導致囊腫復發，所以要及時去醫院做進一步的檢查。