鞍上生殖細胞瘤的質地稍硬且血運豐富，多向周圍重要結構浸潤生長，手術切除難度大，視神經和視交叉減壓多不如垂體瘤和顱咽管瘤充分，而且術后并發癥也較多。手術的主要目的是肯定腫瘤性質明確診斷;行視神經和視交叉的減壓以改善或保存視力;解除腦脊液循環的梗阻。鞍上生殖細胞瘤對放療極敏感，術后應常規放射治療，為防止腦脊液的播散轉移，多采用全腦脊髓軸照射(CSI)。對于沒有手術指征的患者可在立體定向活檢后行放療。高度懷疑本腫瘤也可行試驗性放療 (20Gy)，腫瘤多在放療后明顯縮小。此類腫瘤對化療也很敏感，目前多與放療的聯合應用來減少放療的劑量和照射范圍，以防止放療造成兒童發育停滯等副作用，常用的化療藥物有：長春新堿、卡鉑、甲氨蝶呤等。