一般情況下，兒童軍團病腎病可能是軍團菌感染引起的。
軍團菌是一種常見的需要氧革蘭陰性桿菌，常見于自然環境中，比如自然水和泥土，而軍團菌則可以通過人體的單核和巨噬細胞來生存和繁衍。軍團菌通過呼吸道侵入引起炎癥，可能會影響到腎，其分泌的β-內酰胺能引起細胞的溶解和分解，并使其釋放出引起小兒軍團病的毒性物質。如果患有免疫缺陷疾病、使用免疫抑制藥、腫瘤、糖尿病等，均可引起免疫功能低下，從而使兒童容易受軍團菌的影響，而誘發兒童軍團病腎病。如果兒童長期在密閉的環境下，沒有通風，空調冷凝水、冷熱水管道、空調冷凝水等可能會存在軍團菌，從而引起兒童感染。在夏季和秋季，溫高、濕度大，容易引起軍團菌擴散，導致兒童感染。