兩者最大的不同在于過敏性咳嗽只是咳嗽感受器敏感性增加，病變通常不累計氣管支氣管，咳嗽雖劇烈，但往往不會出現氣緊的表現，氣道反應性不高，肺功能通常是正常的。而咳嗽變異性哮喘則不同，咳嗽變異性哮喘本質仍然是哮喘，也可認為是輕度哮喘，病變累及氣管、支氣管，肺功能會有異常，氣道反應性明顯升高，在咳嗽時往往有氣緊的情況。