支原體感染通常是指病原體侵入人體后與機體發生病原體的免疫反應而發病。
致病支原體中，肺炎支原體引起肺炎，人型支原體、解脲支原體、生殖器支原體主要引起泌尿生殖道感染。有些病原體還可附著在上皮神經受體上，抑制纖毛活動，破壞上皮細胞，釋放有毒代謝物質，導致局部組織細胞膜損傷，進而誘發生病。