肛門直腸周圍膿腫是引起肛瘺的根本原因.膿腫破潰或切開后不能愈合最終形成瘺管其主要原因：1.肛門直腸周圍膿腫破潰或切開多在肛門外膿液從外口流出但原發感染多在肛竇.肛竇則是繼發感染的門戶反復感染形成瘺道.2.瘺道多在肛門括約肌之間通過由于括約肌經常不斷地收縮與舒張壓迫瘺道影響膿液的排除容易貯膿感染而難以愈合.3.直腸內有一定的壓力將直腸感染物質如糞便氣體可經常不斷地從內口進入瘺道刺激腔壁繼發感染后由外口排出也是造成瘺道的原因.4.肛門直腸周圍膿腫破潰后膿液排出膿腔逐漸縮小外部破潰口和切口也縮小腔壁形成結締組織增生的堅硬管道壁因而不能自然閉合.5.瘺道彎曲或有竇分支引流不通暢膿液潴留反復感染造成瘺道不易愈合.6.肛門靜脈回流不暢局部經常淤血組織營養不良影響愈合.7.結核桿菌放線菌等感染所形成的膿腫克隆氏病等難以自愈而形成特殊性肛瘺.