口腔內出現水泡的病因是多方面的，經常會想到皰疹病毒感染、黏液囊腫以及自身免疫性大皰性疾病。
1.皰疹病毒：起水泡前病人會發熱，水泡多數情況下2天至3天會破裂，可以在醫生指導下使用阿昔洛韋片及其他藥物對癥治療。
2.黏液囊腫：水泡可能發生于唇或口腔側壁，以唇為主，為口腔內細小唾液腺唾液不能外流，唾液堆積而成，引起唾液不能流出來可能是因為被咬傷等因素，可以用手術取出唾液。少數透明水泡會出現在舌底，這可能是舌下腺囊腫引起的，可以用B超等方法證實是囊腫，如果是囊腫則舌下腺與囊腫一并摘除。囊腫摘除后由于咬傷等原因可于次次發生黏液囊腫所以黏液囊腫有一定程度的復發。
3.自身免疫性大皰性疾病：以口腔黏膜內出現大皰為特征，需要在醫生指導下用糖皮質激素，予以治療。