引起唇腭裂的有遺傳因素：部分患兒直系或旁系親屬中有類似畸形發生。大約有20%左右唇腭裂患兒可查詢出有遺傳史；感染和損傷：懷孕初期（2個月左右）的媽媽感染過病毒，如流感、風疹或受過某種損傷可能成為唇腭裂的致病原因；媽媽懷孕期間患有如貧血、糖尿病、嚴重營養障礙等慢性疾病；懷孕期間服用某些藥物：如鎮靜藥、抗癲癇藥及激素類藥等。