治療肛乳頭瘤可以采用冷凍治療：降溫后細胞內和細胞外迅速形成冰晶，導致腫瘤細胞脫水、破裂。同時冷凍使微血管收縮，血流減緩，微血栓形成，阻斷血流，導致腫瘤組織缺血壞死。中醫治療：對早期疾病采用一些預防性的治療，對不能手術的患者，在治療的同時，可以配合中藥灌腸治療，以提高療效。