細菌性痢疾的確診要做血常規檢查、便常規檢查、細菌培養、特異性核酸檢測、血清免疫學檢查、腸鏡檢查、X線鋇餐檢查等。大便涂片鏡檢和細菌培養有助于診斷的確立，乙狀結腸鏡檢查及X線鋇劑檢查，對鑒別慢性菌痢和其他腸道疾患有一定價值。