一般來說，停經40天b超看不到孕囊的主要原因是以下這些：
1、月經不正常、受孕晚，有的女人月經不規律，一般要40多天才來一次，這個時候，即使檢測出來了，受孕的時間也比較晚，在子宮里見到孕囊的時間也比較晚。
2、可能是因為子宮外孕，也可能是因為婦科的炎癥，比如輸卵管炎。B超檢查沒有發現孕囊，有陰道出血、腹痛等癥狀患者應該盡早前往醫院，在專業醫生的指導下進行治療。