第二磨牙疼的原因有很多，常見的原因有齲病、牙髓炎等，針對不同的疾病采取不同的處理方法。
1、齲病：是由多種因素引起的，主要是由細菌引起的，對牙齒硬組織的破壞。第二磨牙齲壞后，牙本質小管暴露在空氣中，如果受到物理或化學刺激，就會引起疼痛。治療時首先要做的就是將變質的牙體組織清除掉，再用牙科材料對其進行修補。
2、牙髓炎：是指牙髓組織發生的炎性疾病，多由齲病引起，也有可能是牙外傷、牙周炎等引起。自發性痛、夜間痛、冷熱刺激痛是牙髓炎的主要癥狀，主要是由于牙髓腔內壓力過大所致。通過根管治療可以去除牙髓內的炎癥組織，從而達到減輕疼痛的目的，也可以通過直接蓋髓和間接蓋髓的目的。