臨床沒有流感嗜血桿菌腦膜炎預防首選藥物這一說法，不同患者的病情不同，選擇的藥物也不同，常用的藥物有注射用頭孢噻肟鈉、注射用美羅培南、注射用氨芐西林鈉等。
1.注射用頭孢噻肟鈉：該藥物的主要成分為頭孢噻肟鈉，流感嗜血桿菌屬于嗜血桿菌屬，而頭孢噻肟鈉對嗜血桿菌屬具有較好的抑制作用，患者可以遵醫囑使用注射用頭孢噻肟鈉治療由流感嗜血桿菌引起的腦膜炎。
2.注射用美羅培南：如果患者對頭孢菌素過敏，可以遵醫囑使用碳青霉烯類抗菌藥物注射用美羅培南治療，可以通過抑制流感嗜血桿菌細胞壁的合成而產生抗菌作用。
3.注射用氨芐西林鈉：該藥物對敏感菌所致的呼吸道感染、尿路感染、腦膜炎等具有良好的治療作用，患者可以遵醫囑聯合用藥。
建議患者在用藥期間注意休息，避免勞累和熬夜。多吃清淡的食物，以免影響藥效的發揮。