錐切不干凈的幾率很小。篩查宮頸病變一般分為以下三個步驟：HPV篩查、TCT、陰道鏡活檢，如陰道鏡活檢組織的結果為高度上皮內瘤變（CIN2，CIN3）時，需行錐切治療。
錐切之前已行陰道鏡活檢，有助于初步確定病變分級及病變范圍，對錐切起到指導作用。錐切完成并不意味著宮頸病變的治愈，錐切下的組織還應送病理檢測，檢查切緣干凈與否以及檢測病變的分型與分期，以確定下一步診療措施。
因為之前的陰道鏡活檢是在可疑病變部位選取的組織活檢，其觀測點在宮頸表面，不能檢測到宮頸內部的病變，所以存在一定的幾率導致錐切范圍小于實際病變范圍，這種情況是當前診療手段下無法避免的，但是出現幾率并不是很高。