拔完智齒舌頭根部疼可能是麻醉藥的作用、手術過程中刺激局部組織、局部炎癥等原因導致，可以通過一般治療，使用藥物等方法改善。
1.麻醉藥的作用：拔智齒手術需要使用麻醉藥，這些藥物可能會影響舌頭神經的功能，導致疼痛。等到麻醉藥過去，疼痛可得到緩解。平時要注意，不可咀嚼堅硬食物，以免導致疼痛加重。
2.手術過程中刺激局部組織：在拔除智齒的過程中，可能會對舌頭根部造成一定程度的刺激或壓迫，導致舌頭根部疼痛。如果疼痛比較嚴重，可以在醫生的指導下使用布洛芬緩釋膠囊、對乙酰氨基酚片等藥物止痛。
3.局部炎癥：手術后口腔組織可能會出現腫脹和炎癥，炎性分泌物對局部神經造成刺激，影響舌根部的神經和血管，導致局部疼痛。可在醫生的指導下使用阿莫西林膠囊、甲硝唑片等消炎的藥物進行治療。
除以上原因以外，還有可能是因為拔牙手術后遺癥、舌乳頭炎、灼口綜合征、干燥綜合征等原因導致的。如出現局部不適癥狀，建議及時到醫院就診。