結核菌一般指結核分枝桿菌。即使找不到結核分枝桿菌，但在其他診斷明確的情況下，也可以確認肺結核。大部分肺結核患者痰培養檢查可能是陰性，找不到結核分枝桿菌，只有少部分肺結核患者的痰培養中可能發現結核分枝桿菌。
肺結核是呼吸道常見傳染性疾病，是由于結核分枝桿菌經由呼吸道吸入肺內，導致肺內不同部位產生不同類型的肺結核。在肺結核類型中有結核性胸膜炎，是由于呼吸道感染結核分枝桿菌后產生變態反應，導致胸膜腔滲出，多數患有結核性胸膜炎的患者，胸腔積液里無法分離到結核分枝桿菌。
其他類型的肺結核，如原發性肺結核、血源播散性結核病，通常痰培養都是陰性，是由于結核分枝桿菌通過吸入進入肺內，導致肺內感染后破入血管，隨血液循環在肺內播散。如果患者咳嗽、排痰痰液比較多，痰里可以找到結核分枝桿菌，稱為開放性肺結核。
多數肺結核導致的臨床癥狀以間質性改變為主，患者可能沒有痰，通常是刺激性干咳，所以無法從痰里找到結核分枝桿菌。可以結合伴隨癥狀和體征，必要時結合實驗室檢查，如血沉增快、結核分枝桿菌素試驗強陽性等綜合指標分析判斷，確診患者是否是肺結核。